کیهان در واکنش به اظهارات علی یونسی نوشت: در فتنه قتل‌های زنجیره‌ای، چند منتقد نجیب نظام به قتل رسیدند و فضای تبلیغاتی مسمومی به راه افتاد. یکی از قربانیان این جنایت مشکوک، مرحوم دکتر مجید شریف، مترجم کتاب روشنگرانه و ضدصهیونیستی پروفسور روژه گارودی با نام «اسطوره‌های بنیانگذار سیاست اسرائیل- تاریخ یک ارتداد» بود. آقای یونسی که پس از کناره‌گیری وزیر وقت، وزیر اطلاعات شد، آیا باید بررسی مستقلی انجام داد مبنی‌بر اینکه چرا باید مترجم کتاب ضدصهیونیستی در تهران ترور شود؟
نکته قابل‌تأمل اینکه سایت وزارت خارجه رژیم صهیونیستی، دوازده سال بعد از این جنایت، در سال 89 نوشت: «دشمنان اسرائیل فقط روح‌ا…خمینی و مذهبی‌ها نیستند؛ حتی در میان کمونیست‌ها و برخی ملی- مذهبی‌ها هم می‌توان چنین دشمنانی را پیدا کرد. گارودی که از سران حزب کمونیست فرانسه بود، مسلمان و مرید خمینی شد و نامش را از «روژه» به «رجاء» تغییر داد. او به‌خاطر این کتاب، در فرانسه محکوم شد. ترجمه مجید شریف از این کتاب، هیچ‌گاه از سوی روشنفکران حکومتی مورد نقد و نکوهش قرار نگرفت».
این جنایت در دولت خاتمی اتفاق افتاد، اما نفوذی‌های مدعی اصلاح‌طلبی، فاز دوم عملیات را با حمله به نظام و انقلاب کلید زدند؛ بی‌آنکه امثال آقای یونسی شهامت به خرج بدهد و بپرسد یا بگوید چه کسانی مثلا از مترجم کتاب ضدصهیونیستی گارودی کینه به دل داشتند و چرا او را کشتند و خونش را به گردن جمهوری اسلامی انداختند؟ نباید اظهارات مهم مصطفی پورمحمدی درباره قتل‌های زنجیره‌ای فراموش شود.
او در سال 98 گفت: در یک بخشی بود در گپ‌های مباحثاتی با دوستانمان صحبت می‌کردیم، می‌گفتم که این سیاست را قبول ندارم، نباید این‌جور باشید، اما این‌جور نبود که از دست رها باشد؛ حتی این داستان قتل‌های زنجیره‌ای در سیستم اتفاق افتاد، جانشین امنیت؛ یعنی معاونت امنیت، جانشینش مدیر این پروژه بود که گرایش چپ داشتند؛ یعنی جایی نبود که پنج نفر خودسرانه آمده باشند دست به این کار زده باشند. وزیر اسبق دادگستری افزود: اینها برای خودشان تحلیلی داشتند و فکر می‌کردند طبق آن تحلیل باید به نظام خدمت کنند و اصلاح‌طلبان را از ورطه خطرناکی که در آن خواهند افتاد، نجات دهند؛ تحلیل‌شان هم این بود که ضدانقلاب دارد به اصلاح‌طلب‌ها می‌چسبد و ما ناچاریم دوباره حوادث سال 60 و جنگ‌های خیابانی را تکرار و تجربه کنیم.
وی به نکته جالبی درباره نفوذی نبودن دست‌اندرکاران قتل‌های زنجیره‌ای اشاره کرد: «اینکه فکر کنیم جماعتی همین‌جوری خودسر آمدند و انجام دادند به این شکل که نبود، اینها تحلیل داشتند، حالا اینکه در این تحلیل اینها، نفوذی وجود دارد، این هم ثابت نشد، ما که نمی‌توانیم صرفا روی تحلیل‌مان کار کنیم، آدم‌هایش موجودند، محاکمه شدند، زندان رفتند، همه‌شان تحمل حبس طولانی کردند، اینها که موجودند، بعد هم اینکه وزارت، کار کردند.» پورمحمدی گفت: القای غیرمستقیم می‌تواند چنین چیزهایی باشد، ولی اینکه مستقیما طبق ادعایی که برخی از این آقایان کردند؛ یعنی شبکه جاسوسی و نفوذ و اینها، هیچ‌کدامشان ثابت نشد و این حادثه هم اتفاق افتاد.
آیت‌ا… هاشمی هم در خاطراتش این درباره نوشته است: «شب آقایان [قربانعلی] دری [نجف‌آبادی]، [مصطفی] پورمحمدی و [احمد] شفیعی، از وزارت اطلاعات آمدند. از نتیجه بررسی قتل‌های اخیر که اتهام متوجه وزارت اطلاعات شده و احتمال خودسری بعضی از افراد تند، اظهار نگرانی کردند و برای حفظ حیثیت نظام و وزارت چاره‌جویی نمودند و برای مجازات مرتکبین، در صورت اثبات، اظهار آمادگی کردند.»