نقاب اصلاحطلبی عمر زیادی بر چهره افخمی نداشت. سال 88 اما افخمی مواضعی داشت که برای حامیان جریان اصلاحات غریب بود. از آن زمان به بعد سوگیری بهروز افخمی علیه دوستان دیروزش علنی شد و به صراحت به نقد جریانی میپرداخت که سبب حضور او در مجلس ششم و اعتبار سیاسیاش شده بود.
به‌عنوان نمونه روزی گفت: «به نظر من؛ آقای کروبی قربانی جریان اصلاح‌طلب شد. فردی همچون مصطفی معین که توانایی کنترل کلاس خود را ندارد در انتخابات شرکت کرد و با حیف و میل چند میلیون رای، احمدی‌نژاد را به قدرت رساند. واقعیت این است که کروبی به معنای آنکه آنها اصلاح‌طلب بودند، اصلاح‌طلب نبود. عدهای سعی کردند که حتی به قیمت قدرت گرفتن احمدی‌نژاد، جلوی قدرت گرفتن کروبی را بگیرند. این واقعیت سیاسی است اگرچه بسیار زننده به‌نظر میرسد و تعبیری بیرحمانه تلقی شود. یکی از نقاط عطف این بود که با کاندیدا کردن مصطفی معین، مهدی کروبی را ساقط کردند. جبهه مشارکت، احمدی‌نژاد را رئیسجمهور کرد.»
فیلمهای به یادماندنی زیادی مانند «شوکران»، «عروس»، «روزفرشته» و… از بهروز افخمی در تاریخ سینمای ایران ثبت شده اما ظاهرا آقای کارگردان علاقهای به بقای صفت خوش‌نامی آنها نداشت و حاشیه را چاشنی کارش کرد. در اذهان بسیاری هست که او فیلم پرحاشیه «روباه» را کارگردانی کرد؛ فیلمی که افخمی تأکید کرده بود به سفارش هیچ نهادی ساخته شده و اتفاقا سفارش او بوده، اما «تابناک» نوشت: براساس اطلاعاتی که وزیر اطلاعات مطرح کرده، این فیلم به سفارش وزارت اطلاعات ساخته شده است.
در شهریورماه 94، رسانهها نوشتند که سری جدید برنامه «هفت» با اجرا و سردبیری بهروز افخمی به‌زودی از شبکه سه سیما پخش خواهد شد و حضور او در برنامه هفت طولانی شد. رویداد 24 نوشت: او در هر دو دورهای که مجری برنامه «هفت» بود، رفیق دیرینهاش، مسعود فراستی را هم به‌عنوان منتقد ثابت به این برنامه آورد.
بهروز افخمی اظهارات حاشیهساز بسیاری دارد. همزمان با تحریم جشنواره فیلم فجر توسط برخی سینماگران، بهروز افخمی در 4 بهمنماه به خبرگزاری ایسنا گفته «اعتراضات اخیر در ایران، یک نمایش زودگذر خیابان بود که فقط تعداد کمی از مردم آن را باور کردند؛ نباید اعتراضات این چند ماهه را یک حادثه واقعی تلقی کنیم. شورش بنزین قابل فهمتر بود و کشتهشدگان آبان 98 قابل ترحم بودند.»
از دیگر اظهارات افخمی، در ماجرای شلیک به هواپیمای اوکراینی بود که سه روز پس از حادثه گفته بود: «دست خدا در کار است که سقوط یکی از هواپیماهای بدنام و پرتصادفشان باعث ورشکستگی و بیحیثیتی اقتصادی آمریکا شود! این جنجالی که راه انداختند از روی بیچارگی است!» چند روز پیش هم گفت: «بازیگرانی که مطرح هستند مثل حمید فرخ‌نژاد درست که ارزیابی کنید میبیند روغن ریخته شده را نذر امامزاده کرده است.»