منظور از گزارش خلاف واقع، گزارشی بود که مرتضوی علت مرگ محسن روح الامینی، محمد کامرانی و امیر جوادی‌فر را بیماری مننژیت اعلام کرده بود، اما مجلس موضوع را پیگیر شد و دریافت کهریزک برخلاف ادعای دادستان وقت تهران از مساحت کم، نبود تهویه، فقدان آب و غذای مناسب رنج می‌برد و بازداشت‌شدگان از شنیدن فحش‌های رکیک و کلاغ پررفتن و ضرب و شتم و همجواری با اراذل و اوباش و تحقیر شدن شکایت دارند. رهبر معظم انقلاب از بازداشتگاه کهریزک به‌عنوان جایی که در آن «جنایت» روی داد و آبروی نظام را در جهان برده است، یاد کردند و خواستار بسته شدن این بازداشتگاه شدند که در نهایت چنین شد و بازداشت‌شدگان به اوین منتقل شدند.
مرتضوی با رفتن به مجلس با ارائه گزارش‌های متعدد سعی داشت خود را بی‌گناه جلوه دهد، اما هیچ‌یک از اظهارات و اقداماتش برای او مصونیت نیاورد. پرونده او در اسفند سال 91 مورد رسیدگی قرار گرفت؛ حکم بدوی‌اش به اتهام معاونت در «قتل»، «مشارکت در بازداشت غیرقانونی» و «معاونت در تنظیم گزارش خلاف واقع»، صادر شد، این حکم پرداخت 200 هزار تومان جریمه نقدی و 6 ماه حبس تعلیقی بود که با اعتراض خانواده‌های شاکیان و متهمان به دیوان عالی کشور رفت. سعید مرتضوی در نهایت آذر سال 96 در شعبه 22 دادگاه تجدیدنظر استان تهران به دو سال حبس قطعی محکوم شد و حکم جلب او برای اجرای رأی صادره در دهم اسفند همان سال صادر شد، اما سعید مرتضوی در دسترس نبود تا برای اجرای حکم به زندان فرستاده شود. در نهایت پس از چندی سعید مرتضوی در خانه‌ای در سرخرود مازندران دستگیر و از آنجا برای اجرای حکم دو سال حبس، روانه اوین شده است.