از ماجرای قتل ستار بهشتی تا فوت سحر خدایاری، از صدور احکام سنگین برای منتقدان سیاسی تا بر زمین ماندن قانون جرم سیاسی همه بصورت یکجا در نامه سرگشاده علی مطهری به رئیس قوه قضائیه آمده است. مطهری در این نامه که آن را چند روز بعد از دستور ابراهیم رئیسی برای تجدیدنظر و رسیدگی منصفانه درخصوص احکام صادره در برخی پرونده‌های اخیر نوشته، خطاب به رئیس قوه قضائیه آورده: «خود بهتر می‌دانید که در بسیاری از موارد بدون توجه به میزان تأثیر جرم در جامعه و ضرورت مجازات، احکام سنگینی برای متهمان صادر می‌شود به طوری که جامعه قانع نمی‌شود و متهم یا مجرم در هاله‌ای از مظلومیت قرار می‌گیرد. این امر در متهمان سیاسی بیشتر قابل مشاهده است.»
نماینده تهران در مجلس در ادامه انتقادات خود به اتهاماتی همچون اجتماع و تبانی علیه امنیت اشاره کرد و نوشت: «مثلاً شخصی در یک جمع 20 نفری انتقادی به نظام یا توهین به مقامات عالی کشور می‌کند. بدون آنکه توجه شود که اساساً چند نفر شنیدند و چه تأثیری در جامعه داشته است، براساس مواد خشک قانونی مانند اجتماع و تبانی علیه امنیت ملی یا تشویش اذهان عمومی که مواد کشداری است و براحتی می‌توان افراد را به آن متهم کرد او را محاکمه و به چندین سال زندان محکوم می‌کنند، در حالی که بسیاری از این موارد با یک تذکر یا چند کلمه نصیحت قابل مختومه شدن است.»
او در ادامه این نامه که در سایت عصر ایران منتشر شد، به قتل یک وبلاگ‌نویس اشاره کرد و ادامه داد: «مثال روشن آن قضیه قتل ستار بهشتی در بازداشتگاه نیروی انتظامی است. او کارگری بود که به خاطر فقر خود و مادرش در وبلاگ شخصی خود انتقاد و احیاناً توهین به مقامات عالی کشور می‌کرد. او را بازداشت کردند و در اثر ضربات وارده فوت کرد. بعداً پلیس فتا اعلام کرد که وبلاگ او فقط 8 نفر بازدیدکننده در روز داشته است. قطعاً با یک تذکر و دلجویی و کمک مالی مشکل او حل می‌شد. نمونه دیگرش همین مرگ دختر آبی است که… با چند کلمه نصیحت قابل فیصله دادن بود.»
مطهری از صدور احکام سنگین برای منتقدان سیاسی انتقاد کرد و نوشت: «علت صدور این احکام، نوع بینش برخی بازجوها و قضات درباره حفظ نظام است که خیال می‌کنند با این احکام سنگین دیگران را می‌ترسانند و در نتیجه نظام حفظ می‌شود و حتی خیال می‌کنند محفوظ ماندن نظام تا امروز به دلیل این سخت‌گیری آنهاست، در حالی که سخت در اشتباهند زیرا رفتار این افراد به نظام آسیب زده است و محفوظ ماندن نظام جمهوری اسلامی ریشه در ایمان اسلامی و اعتماد مردم دارد.»
مطهری در پایان تأکید کرد: «اکنون که جنابعالی این اقدام عدالت‌خواهانه را آغاز کرده‌اید، ضمن تشکر، خوب است که به مسئولان مربوط توصیه فرمایید که اولاً احکام سنگین مخصوص اقدامات مسلحانه و کارهایی مانند جاسوسی و مواد مخدر است. ثانیاً انتقاد از نظام به معنی توهین نیست و مجازات ندارد. ثالثاً در تعیین حکم مجازات برای متهمان سیاسی به میزان تأثیر جرم در جامعه توجه کنند. در مواردی که تأثیر قابل توجهی در جامعه نداشته به تذکر اکتفا نمایند و رابعاً در این گونه موارد از بازجوها و قضاتی که عقل‌شان بر علم‌شان غلبه دارد، استفاده شود.»